インボイス2026年版｜中小企業が今やるべき5つの対応
この記事のポイント
- 80%控除は2026年9月で終了し、10月からは70%控除に切り替わります。
- 当初の「いきなり50%」から、70%→50%→30%→0%の4段階に緩和されました。
- 同じ取引でも10月以降は実質コストが増えるため、取引先の棚卸しが最優先です。
- 9月と10月をまたぐ取引は控除割合が変わるため、会計ソフトの税区分設定が要です。
- MC LINK会計事務所は、freee導入支援の実績から制度移行の設定まで伴走します。
こんな状況、ありませんか？
「インボイスはもう対応済みのはず」。 そう考えている社長は少なくありません。
ですが2026年10月、経過措置は次の段階に進みます。 免税事業者からの仕入れで差し引ける消費税が、これまでの80%から70%へと縮小するからです。
しかも令和8年度の税制改正で、スケジュールそのものが組み替えられました。
「自社は何を、いつまでに、どう動けばいいのか」。 この記事では、中規模企業の社長が2026年に取るべき対応を5つに整理して断言します。
2026年10月、インボイスの経過措置は何が変わるのか
2026年10月から、免税事業者の仕入れに対する控除割合が80%から70%へ下がります。
インボイス制度では、登録していない事業者（免税事業者など）からの仕入れは、本来なら消費税を差し引けません。
ただし急激な負担増を避けるため、一定割合を差し引ける経過措置が設けられています。
ここで重要なのが、令和8年度税制改正による変更です。
改正前は、2026年10月に80%から一気に50%へ下がる予定でした。
それが「70%→50%→30%→0%」という4段階に組み替えられ、終了時期も2年延長されています。
改正前と改正後のスケジュールを並べると、変更点がはっきりします。
| 期間 | 改正前 | 改正後（令和8年度改正） |
| 〜2026年9月 | 80%控除 | 80%控除 |
| 2026年10月〜2028年9月 | 50%控除 | 70%控除 |
| 2028年10月〜2030年9月 | 控除なし | 50%控除 |
| 2030年10月〜2031年9月 | 控除なし | 30%控除 |
| 2031年10月〜 | 控除なし | 控除なし（終了） |
落ち幅が小さくなった分、対応の猶予は広がりました。
ですが「将来ほど差し引ける額が減る＝実質コストが増える」という方向は変わりません。
段階が増えたぶん、毎年の設定見直しがかえって煩雑になる点には注意が必要です。
対応①：免税事業者の取引先を「一覧」で棚卸しする
まず着手すべきは、仕入先・外注先がインボイス登録済みかどうかの一覧化です。
控除割合が縮小して影響を受けるのは、あくまで「未登録の相手からの仕入れ」だけです。
登録済みの事業者との取引は、これまでどおり全額が控除対象になります。
つまり、どの取引先が未登録かを把握しない限り、自社の負担増は計算できません。
実務では、主要な仕入先・外注先を「登録済み／未登録／確認中」で区分するところから始めます。
特に外注費・業務委託費・仕入が大きい業種ほど、影響額がそのまま利益を圧迫します。
建設業の一人親方、フリーランスのデザイナー、個人の運送事業者などは未登録が混在しやすい典型です。
MC LINK会計事務所では、freee導入支援の実績から、取引先マスタと連動した未登録先の抽出を支援しています。
手作業の棚卸しに頼らず、会計データ側で「どこにいくら影響が出るか」を可視化する。
これが負担増を正確に見積もる第一歩です。
対応②：年間1億円の「控除上限」に該当しないか確認する
令和8年10月以降、特定の未登録先1社あたり年間1億円（税込み）を超える仕入れは、超過分が経過措置の対象外になります。
これは今回の改正で新設された、見落とされがちなポイントです。
改正前は1社あたり年間10億円が上限でした。 それが1億円へと大幅に引き下げられました。
たとえば、ある免税事業者への年間仕入れが1億2,000万円だった場合を考えます。
1億円までは70%控除が使えますが、超過した2,000万円分は一切控除できません。
この上限は免税事業者「1者ごと」に判定される点も重要です。
該当する中小企業は多くありませんが、大口の外注先が未登録のままだと一気に負担が膨らみます。
仕入額の大きい製造業や卸売業では、1社あたりの年間取引額を必ず確認しておくべきです。
対応③：9月と10月をまたぐ取引の「会計ソフト設定」を整える
2026年9月の取引は80%、10月の取引は70%。 この切り替えを会計ソフトで正しく処理できる状態にしておく必要があります。
控除割合は「課税仕入れを行った日」で判定されます。 ここで実務上のミスが起きやすいのが、役務提供と商品仕入れで判定基準が違う点です。 役務提供は「提供を受けた日（原則は完了日）」、商品仕入れは「引渡しがあった日」で判断します。
たとえば9月に開始し10月に完了した外注作業は、全額が70%控除になります。 代金の支払日が10月や11月であっても、控除割合の判断には影響しません。 あくまで役務の提供を受けた日で決まります。
この切替を手作業で処理すると、設定ミスが申告漏れや過少申告に直結します。 だからこそ、税区分の設定を制度に合わせて更新しておくことが欠かせません。 新潟県の製造業（年商数億円規模）の顧問先では、freeeの税区分を改正スケジュールに合わせて事前設定し、切替月の処理を仕組みとして整えた事例があります。
MC LINK会計事務所はfreee 5つ星認定アドバイザーとして、単なる導入で終わらせず、こうした制度移行の設定までを業務フローに組み込みます。
対応④：未登録の取引先と「価格・契約条件」をどう扱うか決める
控除できない消費税は自社のコストになるため、取引先ごとに方針を決める必要があります。
70%控除になると、控除できない部分は20%から30%へ広がります。 税込110万円（消費税相当10万円）の仕入れなら、控除できない額は2万円から3万円へ増えます。 この差額が取引量に比例して積み上がり、手残りを直接削ります。
控除割合ごとに、自社が負担する額（控除できない消費税）を早見表にすると次のとおりです。 ※未登録先からの税込110万円（消費税相当10万円）の仕入れを例とした目安です。
| 控除割合 | 適用時期 | 控除できる額 | 自社負担（控除できない額） |
| 80% | 〜2026年9月 | 約8万円 | 約2万円 |
| 70% | 2026年10月〜 | 約7万円 | 約3万円 |
| 50% | 2028年10月〜 | 約5万円 | 約5万円 |
| 30% | 2030年10月〜 | 約3万円 | 約7万円 |
| 0% | 2031年10月〜 | 0円 | 約10万円 |
同じ取引でも、時間が経つほど自社の負担が増えていくことが分かります。
すべての取引先を一律に扱う必要はありません。 影響額と取引の重要度に応じて、対応を分けるのが現実的です。 代替が難しい専門性の高い取引先なら継続を前提に、影響額の大きい大口先なら価格や条件の見直しを検討します。なお、インボイス未登録の事業者に対し、一方的に消費税額全額の値引きを要求することは下請法違反や独占禁止法違反に問われる可能性があります。控除できない消費税相当額の負担について双方で協議し、合意するなどすることが好ましいと考えられます。
ここで会社が問われるのは、どちらの立場で判断するかです。 私たちMC LINK会計事務所は、銀行や税務署ではなく会社の側に立って、損益への影響を数字で示したうえで判断材料を揃えます。 感情論ではなく、利益や資金への影響額をもとに「どの取引先とどう向き合うか」を一緒に整理する。 これが外部CFOとしての役割です。
対応⑤：自社が免税事業者側なら「登録の要否」を判断する
自社や関連会社が免税事業者の立場なら、課税事業者へ転換すべきかを早めに見極める必要があります。
売上先が課税事業者（BtoB）中心で、取引継続の条件に登録が入り始めているなら、登録が有利に働きます。 一方、売上先が一般消費者（BtoC）中心なら、相手は仕入税額控除を使わないため、免税のままでも不利になりにくい構造です。
判断を左右するのが、個人事業者向けの特例の動向です。 令和8年度改正で、これまでの「2割特例」に続き、令和9年分・令和10年分には「3割特例」が設けられました。 こうした特例の適用期間や、簡易課税への移行タイミングを誤ると、納税額が変わってきます。
登録するかどうかは、目先の手間ではなく、取引構造と数年先の負担で判断すべきです。 公認会計士2名・税理士7名を擁するMC LINK会計事務所では、課税方式の選択も含めて、自社にとって有利な道筋を整理します。
結局、自社は何をすべきか（立場別の早見表）
自社の立場によって、優先すべき対応は変わります。 ここまでの5つの対応を、立場別に整理すると次のとおりです。
| 自社の立場 | まず確認すること | 優先する対応 |
| 課税事業者で、未登録の仕入先・外注先がいる | どの取引先が未登録か | 対応①②③（棚卸し・上限確認・ソフト設定） |
| 課税事業者で、大口の未登録先がいる | 1社あたり年間1億円超か | 対応②④（上限確認・価格交渉） |
| 自社が免税事業者で、BtoB中心 | 取引先が登録を求めているか | 対応⑤（登録の要否判断） |
| 自社が免税事業者で、BtoC中心 | 売上先が消費者中心か | 当面は免税維持も選択肢 |
まず自社がどの行に当てはまるかを確認し、該当する対応から着手するのが近道です。
まとめ：では、2026年に何から動けばいいか
最初の一歩は、取引先がインボイス登録済みかどうかの棚卸しです。
ここが分からなければ、自社の負担増も、価格交渉の必要性も、会計ソフトの設定も判断できません。 未登録先の一覧化、年間1億円の上限確認、9月と10月をまたぐ取引の設定、この3つを夏までに終えておくのが理想です。
そのうえで、影響額の大きい取引先の方針と、自社が免税側なら登録の要否を決めていく。 制度は今後も段階的に変わり続けます。 だからこそ、毎期の設定と判断を仕組みとして回せる体制を、早めに整えておくことです。
よくある質問
Q. インボイスの80%控除はいつまで使えますか？
80%控除は2026年9月30日までです。 2026年10月1日からは70%控除に切り替わり、その後50%、30%と段階的に縮小します。
Q. 2026年10月から控除割合はいきなり50%になりますか？
なりません。 令和8年度税制改正で見直され、2026年10月からの2年間は70%控除に据え置かれます。50%になるのは2028年10月からです。
Q. インボイス未登録の取引先とは取引できなくなりますか？
法律上「取引できない」わけではありません。 ただし控除割合が縮小する分、自社のコストが増えるため、価格や契約条件の見直しが必要になる場合があります。
Q. 経過措置を使うのに申請や届出は必要ですか？
不要です。 帳簿に経過措置の対象取引である旨を記載し、要件を満たす請求書等を保存していれば、自動的に適用されます。
Q. 1社あたり年間1億円超の仕入れがある場合はどうなりますか？
2026年10月以降、未登録の1者あたり年間1億円を超える部分は、経過措置の対象外となります。 大口の外注先が未登録の場合は、年間取引額を必ず確認してください。
インボイスの影響額の試算から、freeeの税区分設定、課税方式の選択まで。 自社の状況に合わせて、何から動くべきかを整理します。
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【監修者】 丸山 悠由（まるやま ゆう）
／ Yu MARUYAMA MC LINK会計事務所 代表パートナー 公認会計士／税理士／認定事業再生士
／経済産業省 経営革新等支援機関／総務省 政治資金監査人
外部CFOとして、節税検討シートを用いた網羅的な決算前提案を統括。
公認会計士・税理士として、消費税・インボイス対応における税務の正確性と経営合理性の両立を重視する。
［MC LINK会計事務所の体制］ 公認会計士2名・税理士7名・国税OB税理士在籍
／freee 5つ星認定アドバイザー 最大60億円の資金調達支援、資金調達成功率90%超の実績を持つ事務所として、
年商300万円〜200億円まで165社の顧問先を支援。
公開日：2026年7月3日／更新日：2026年7月3日
※本記事のインボイス経過措置の内容は、令和8年度税制改正大綱に基づく2026年6月時点の情報です。
今後の国会審議等により詳細が変更となる可能性があります。 ────────────────────────────────
